L'examen théorique des permis bateau mer (possible à Paris) ou rivière se passe sous forme de questionnaires à choix multiples. Le candidat au permis bateau doit répondre à une série de 40 questions portant sur différents thèmes concernant la navigation maritime pour le permis côtier et fluviale pour le permis rivière. Le candidat ne doit pas faire plus de 5 erreurs. Certaines questions appellent plusieurs réponses (2 maximum)
L'examen a lieu dans des centres agréés, comme pour les examens du code de la route.
C'est le candidat qui choisit le jour du passage de son examen.